简单的细菌感染已变得异常复杂，医院、医生和公共卫生领导人勇敢地尝试限制抗生素耐药的出现和传播，但针对无处不在的细菌，他们发现，到2000年，尽管药物使用了五十年，但他们几乎不知道如何在重症监护病房这样复杂的美国生态系统中保持其效力。742毫不奇怪，新的葡萄球菌和能够抵抗万古霉素这种最后防线药物的链球菌继续在美国各地出现。743
尽管到2000年，美国的许多主要健康威胁都来自国外，但美国的公共卫生基础设施根本没有准备好应对这些外部威胁。传统上忽视公共卫生的机构，如美国中央情报局744和战略与国际研究所745，到2000年，比大多数公共卫生机构更加积极和焦虑地处理有关全球化传染病的问题。
20世纪末，美国公共卫生在解决预期寿命和其他基本健康指标的种族差距方面上所做的微薄努力也受到了阻碍。1980年在美国出生的白人男婴平均预期寿命比同年出生的非裔美国婴儿长7年，到1990年，预期寿命差距略微扩大：7.3年。而在1996年，这个差距是整整8年。746尽管拉美裔和非裔美国人在相关政府领导工作岗位上的地位更加突出，但少数族裔社区公共卫生的糟糕记录在20世纪90年代并没有得到很大改善。